Nationalpark Mols Bjerge har 50 kilometer varieret kystlinje.
Indtil for 100 år siden var den vigtigste danske færdselsåre havet, og der har været rigtig mange havne og anløbsbroer langs nationalparkes kyster. I dag er flere af de anlæg omdannet til lystbådehavne.
I Ebeltoft ligger en stor lystbådehavn og en skudehavn. Øer Maritime Ferieby ligger ved Færgehavnen, og Nappedam er godt udgangspunkt for sejlture til Kalø Slotsruin og de store skove.
Nationalpark Mols Bjerge understøtter Veteranskibet Skødshoved, som du kan komme ud at sejle med.
Hver sommer sejler parketskibet Skødshoved nemlig som nationalparkskib.